بررسی سطوح عدم تعادل پیوستگی در ژنوم گاوهای بومی استان فارس با استفاده از داده‌های متراکم نشانگرهای چند شکل تک نوکلئوتیدی

Authors

  • کریم کریمی دانش آموخته دکتری گروه علوم دامی دانشکده کشاورزی دانشگاه شهید باهنر کرمان و عضو انجمن پژوهشگران جوان دانشگاه شهید باهنر کرمان
Abstract:

زمینه مطالعاتی: شناسایی سطوح عدم تعادل پیوستگی در میان جمعیت­ها ابزاری مفید در مطالعه تاریخچه جمعیت­ها و شناسایی نواحی ژنومی مرتبط با صفات مهم اقتصادی است. هدف: در این تحقیق، به منظور فراهم آوردن اطلاعات پایه مورد نیاز در طراحی مطالعات ارتباطی کل ژنوم و بررسی تغییرات اندازه موثر جمعیت در گاوهای بومی فارس، سطوح عدم تعادل پیوستگی در ژنوم افراد این جمعیت مورد مطالعه قرار گرفت. روش کار: بدین منظور تعداد 10 راس از گاوهای بومی فارس به طور تصادفی نمونه برداری شدند و به کمک تراشه Illumina Bovine HD در 777962 جایگاه SNP تعیین ژنوتیپ شدند. کنترل کیفی داده­ها بر اساس نرخ فراخوانی تعیین ژنوتیپ، انحراف از تعادل هادری–وینبرگ و فراوانی­ آلل­های­­ نادر در جایگاه­های مختلف انجام شد و 55718 جایگاه برای انجام آنالیزهای بعدی انتخاب شدند. کلیه جفت مقایسه­های بین SNPها در سه دسته فاصله­ای صفر تا 10، 10 تا 100 و 100 تا 1000 کیلوبازی تقسیم بندی شدند و متوسط آماره r2 برای تمامی کروموزوم­های غیرجنسی در این فواصل محاسبه شد. نتایج: متوسط r2 بالاتر از 3/0 در فواصل کمتر از Kb 9 و متوسط r2 بالاتر از 2/0 در فواصل کمتر از Kb 60 مشاهده گردید. مقادیر r2 بدست آمده در فواصل بین نشانگری کوتاه­تر (کمتر از Kb 100) از اطمینان بیشتری برخوردار بودند. مقادیر بالای r2 یافت شده در این مطالعه نشان­دهنده سطح بالای بروز همخونی و کاهش شدید جمعیت موثر در گاوهای بومی فارس است. نتیجه­گیری نهایی: نتایج این مطالعه می­تواند در تعیین تراکم نشانگری مورد نیاز جهت کسب دقت کافی در مطالعات ژنومی احتمالی در گاوهای بومی فارس به کار گرفته شود. 

Upgrade to premium to download articles

Sign up to access the full text

Already have an account?login

similar resources

آنالیز ساختار ژنتیکی جمعیت گاوهای بومی ایران با استفاده از نشانگرهای متراکم چندشکل تک نوکلئوتیدی

این تحقیق با هدف بررسی ساختار ژنتیکی گاوهای بومی بر اساس استفاده از نشانگرهای چندشکل تک­نوکلئوتیدی انجام شد. بدین منظور تعداد 90 راس گاو از نژادهای سرابی (20)، کردی (10)، مازندرانی (10)، تالشی (10)، سیستانی (10)، کرمانی (10)، نجدی (10) و توده بومی فارس (10) مورد نمونه­برداری قرار گرفتند. تعیین ژنوتیپ نمونه­ها با استفاده از چیپ Illumina High density Bovine BeadChip با تراکم 777962 جایگاه انجام ش...

full text

آنالیز ساختار ژنتیکی جمعیت گاوهای بومی ایران با استفاده از نشانگرهای متراکم چندشکل تک نوکلئوتیدی

این تحقیق با هدف بررسی ساختار ژنتیکی گاوهای بومی بر اساس استفاده از نشانگرهای چندشکل تک­نوکلئوتیدی انجام شد. بدین منظور تعداد 90 راس گاو از نژادهای سرابی (20)، کردی (10)، مازندرانی (10)، تالشی (10)، سیستانی (10)، کرمانی (10)، نجدی (10) و توده بومی فارس (10) مورد نمونه­برداری قرار گرفتند. تعیین ژنوتیپ نمونه­ها با استفاده از چیپ illumina high density bovine beadchip با تراکم 777962 جایگاه انجام ش...

full text

شناسایی و بررسی خصوصیات چند شکلی تک نوکلئوتیدی در ناحیه پروموتر ژن اینترلوکین–8 در گاوهای بومی و هلشتاین ایران

زمینه مطالعه: اینترلوکین–8، سیتوکین پیش التهابی، پروتیین کوچکی است که نقش آن جذب و فعال کردن نوتروفیل‌ها در مراحل اولیه دفاع میزبان در مقابل هجوم باکتری‌ها است. چند شکلی تک نوکلئوتیدی در ناحیه پروموتر ژن اینترلوکین–8 می‌تواند با تأثیر بر فرآیند رونویسی این ژن، نقش و فعالیت آن را تحت تأثیر قرار دهد. هدف:  شناسایی و بررسی چند شکلی‌های تک نوکلئوتیدی در ناحیه پروموتر این ژن در گاوهای بومی و هلشتاین...

full text

بررسی خصوصیات چند شکلی‌های تک نوکلئوتیدی در ناحیه َ5 ژن لاکتوفرین در گاوهای بومی و هلشتاین ایران

زمینه مطالعه: لاکتوفرین، گلیکوپروتیین متصل شونده به آهن، دارای نقش‌های فیزیولوژیکی متعددی می باشد که مهمترین آنها خواص آنتی میکروبی است. از این رو ژن کد کننده این پروتیین می تواند به عنوان ژن کاندیدایی در مقاومت به بیماری ورم پستان در نظر گرفته شود. هدف: بررسی ناحیه َ5 ژن لاکتوفرین گاو در نمونه‌های بومی و هلشتاین با استفاده از روش ‌PCR-SSCP‌ و تعیین توالی می باشد. روش کار: برای این منظور از تعدا...

full text

بررسی ژنومی ساختار جمعیتی و عدم تعادل پیوستگی در برخی از نژاد‌های گوسفند بومی ایران

فن‌آوری‌های ژنومی مانند تعیین ژنوتیپ با کارایی بالا بر اساس آرایه‌های SNP، پتانسیل بالایی برای رمزگشایی معماری ژنتیکی صفات پیچیده دارد و اطلاعات زمینه‌ای در مورد ساختار ژنوم در حیوانات اهلی، از قبیل میزان عدم تعادل پیوستگی (LD) فراهم می‌کند. در این پژوهش، از آرایه ژنومیIllumina Ovine SNP50K BeadChip برای تخمین و مقایسه عدم تعادل پیوستگی، اندازه مؤثر جمعیت (Ne) و هتروزیگوسیتی در سه جمعیت گوسفند ...

full text

بررسی الگوی عدم تعادل پیوستگی در سه نژاد از گوسفندان بومی ایران

شناخت الگوی عدم تعادل پیوستگی در جمعیت‌های مختلف اطلاعات سودمندی برای بررسی‌های انتخاب ژنومیک (ژنومیک) (GS) و پویش ژنوم یا ژنوم (GWAS) و شناخت معماری ژنتیکی صفات از طریق بررسی فاز پایداری عدم تعادل پیوستگی بین نشانگر و جایگاه صفت کمی فراهم می‌کند. هدف از این پژوهش بررسی عدم تعادل پیوستگی در سه نژاد از گوسفندان بومی ایران (بلوچی، لری-بختیاری و زل) است. بدین منظور از 186 نمونه گوسفند (شامل 96 نمو...

full text

My Resources

Save resource for easier access later

Save to my library Already added to my library

{@ msg_add @}


Journal title

volume 27  issue 1

pages  17- 27

publication date 2017-05-22

By following a journal you will be notified via email when a new issue of this journal is published.

Hosted on Doprax cloud platform doprax.com

copyright © 2015-2023